В состав Бердянской городской больницы входят следующие подразделения:
Терапевтическое отделение
Хирургическое отделение
Отоларингологическое отделение
Травматологическое отделение
Кожно-венерологический диспансер
Дневной стационар кожно-венерологического диспансера
Отделение профпатологии
Центр амбулаторной онкологической помощи
Кабинет «Доверия»
Регистратура
Кардиологическое отделение
Терапевтическое отделение
Инфекционное отделение
Неврологическое отделение
Хирургическое отделение
Травматологическое отделение
Уронефрологическое отделение
Офтальмологическое отделение
Анестезиологическое отделение № 1
Анестезиологическое отделение № 3
Приёмно-диагностическое отделение
Операционный блок
Реабилитационное отделение
Инфекционный госпиталь
Кардиологическое отделение для больных с острым коронарным синдромом (с палатами реанимации и интенсивной терапии)
Отделение рентгено-хирургических методов диагностики и лечения
Первичное сосудистое отделение (неврологическое отделение для больных с острыми нарушениями мозгового кровообращения)
Педиатрическое отделение
Стоматологический кабинет
Хирургическое отделение
Дневной стационар
Приемное отделение
Отделение анестезиологии и интенсивной терапии
Педиатрическое отделение
Детское хирургическое отделение
Женская консультация
Отделение дневного стационара женской консультации
Отделение анестезиологии и интенсивной терапии
Родильное отделение
Отделение патологии беременных и экстрагенитальной патологии
Отделение постнатального выхаживания новорожденных
Гинекологическое отделение
Рентгенологическое отделение с КТ
Отделение лучевой терапии
Физиотерапевтические отделения
Отделение функциональной диагностики
Патологоанатомическое отделение
Центральное стерилизационное отделение
Клинико-диагностическая лаборатория:
— биохимический отдел
— иммунологический отдел
— цитологический отдел
— клинический отдел поликлиники
— клинический отдел стационара
— бактериологическая лаборатория
— экспресс лаборатория
Отдел кадров
Бухгалтерия
Планово-экономический отдел
Информационно-аналитический отдел